低深度全基因組測序
1.?測序深度需要達到多少？
當測序深度為6×時，對目標區(qū)域的覆蓋度可達90%，深度為20×時，reads對外顯子區(qū)域的覆蓋已接近飽和。此時再提高測序深度，對覆蓋度的貢獻極小，但是能夠增加檢測SNPs準確性和發(fā)現(xiàn)潛在稀有致病變異位點。所以可根據(jù)實驗的目標和經(jīng)費選擇合適的測序深度。
2.?能否只對基因組上某段特定區(qū)域進行測序呢？
可制定感興趣基因組區(qū)域的探針，富集目標基因區(qū)域的DNA后再利用新一代測序技術平臺測序。
3.?與全基因組測序相比，外顯子測序有哪些優(yōu)勢和不足？
與全基因組測序相比，外顯子測序具有測序覆蓋度更深、數(shù)據(jù)準確性更高、花費成本更低等優(yōu)勢。結合公共數(shù)據(jù)庫提供的大量外顯子的數(shù)據(jù)，測序數(shù)據(jù)能更好的解釋研究的結果。其不足之處是只能獲得外顯子區(qū)域內部或邊界的變異信息，不能檢測到基因組內較大的結構性變異。
4.?與轉錄組測序相比，外顯子測序有什么不同？
外顯子測序和轉錄組測序都是針對基因組上的轉錄區(qū)域進行測序，但是前者只能對已知基因組序列信息的物種進行測序，而后者卻不限于此。
因此，兩者在分析上也存在一定的差異：
① 分析的目標區(qū)域有所不同。外顯子測序只能分析基因組上的已知編碼區(qū)，而轉錄組測序不僅能對已知編碼區(qū)進行分析，也能檢測Non coding RNA 等轉錄組信息。
② 分析的手段有所不同。外顯子測序只需將測序數(shù)據(jù)比對到基因組上，分析序列的差異，而轉錄組測序既可以進行mapping，也可以進行從頭拼接。
③ 獲得的結果有所不同。外顯子測序通過比對，可以獲得已知序列的變異信息，而轉錄組測序不僅能夠獲得變異信息，還能進行新的轉錄本的檢測、mRNA的可變剪接檢測、表達譜分析等。